タイトルの症状が出た場合についてです。
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■いくつかの原因が考えられます。

①ディスクに傷がある
MGS4のディスクは他のゲームディスクとは違う特殊な2層式のディスクです。
傷に弱いです。 丁寧に扱って下さい。
ディスクのデータが記録されている面を素手で触れて指紋をつける人がいますが、それは避けて下さい。

②PS3本体のディスク読み取りレンズの劣化
上記の通り、MGS4は特殊なディスクなのでレンズの劣化によりデータを読み取れなくなることがあります。
他のゲームは問題なく読み取れるが、MGS4だけ読み取れない場合があります。
※タバコ吸っている場合は煙によりレンズが汚れ、読み取り不良が発生するリスクが非常に高いです。
※レンズ劣化だけでなく、レンズ汚れの可能性もあります。レンズクリーニングキット等の使用で改善される場合があるようです。
PS3を初期化してMGS4の本編をプレイしてみることでレンズの劣化が原因かどうか確認できると思います。

③MGO2Rのゲームデータ破損
リストアをやり直すか、セーフモードからデータベースの再構築を行う

④PS3のシステムデータの破損
セーフモードからファイルシステムの修復を行なって下さい。
PS3を初期化してしまう方法もあります。

⑤PS3本体の寿命
古い型番のPS3を使用している場合、他のゲームのプレイ中でも同じ症状が出るか確認して下さい。
本体内のホコリ、ヒートシンクとCPUの間のグリスの劣化等による熱暴走の可能性もあります。

⑥ハードディスクの不具合、故障
ハードディスクの不具合、故障によるゲームデータの読み込み不良が考えられます。
物理的な故障でなければフォーマットしてみて下さい。

⑦過剰なタコ足配線による電圧不足

■原因の特定について


※ゲームデータをバックアップユーティリティでバックアップした後、ハードディスクのフォーマットやPS3本体の初期化を行うとバックアップデータを元に戻す(リストア)ことができなくなりますので注意して下さい。
http://manuals.playstation.net/document/jp/ps3/current/settings/backuputility.html
(PlayStation公式サイト PS3ユーザーズガイド)

○MGO2R専用機として新品のPS3を購入した場合や比較的新しいPS3を使用している場合は③だと思います。
MGO2R導入時に不具合が発生した可能性があります。
PS3本体のファームウェアが最新か確認して、セーフモードからデータベースの再構築を行う か、MGO2Rを導入しなおして下さい。

○MGO2R専用機として中古のPS3を購入した場合は原因を特定するのが難しいです。
一度初期化(フルフォーマットしてファームウェアをいれなおし、MGO2Rを再導入して下さい。
また同じ症状がでたらMGS4本編をプレイしてみて下さい。
そこで同じ症状が出た場合、そのまま他のゲームをプレイして下さい。
他のゲームでも同じ症状が出たら②、⑤、⑥です。
背面の排気ファンからタバコの臭いがしたら②のレンズ汚れもあるかもしれません。

○自分がもともと所有しているPS3でMGO2R導入前にはホコリをかぶっていた(久しぶりに起動した)場合上記と同じです。
一度初期化(フルフォーマットしてファームウェアをいれなおし、MGO2Rを再導入して下さい。
また同じ症状がでたらMGS4本編をプレイしてみて下さい。
そこで同じ症状が出た場合、そのまま他のゲームをプレイして下さい。
他のゲームでも同じ症状が出たら②、⑤、⑥です。

○自分がもともと所有しているPS3でMGO2R導入前から頻繁にいろんなゲームを遊んでいる場合
②か③かと思われます。(導入前に遊んでいるときには不具合がなかった場合)
MGO2R導入だけをやり直すか、PS3を初期化してMGO2R導入を再導入してみて下さい。

○自分がもともと所有しているPS3でMGO2R導入前から(直前に)MGS4を問題なくプレイできていた
この場合③だと思われます。
リストアをやり直すか、セーフモードからデータベースの再構築を行ってください

○MGO2R以外の他のゲームでも同じ症状が出る場合は
②、④、⑤、⑥だと思います。
一度初期化(フルフォーマットしてファームウェアをいれなおし)してMGO2R導入を再導入してみて下さい。
買い替えや修理等を検討して下さい。


※MGO2Rを導入し直す場合は面倒ですが、ゲームデータのダウンロード(一番最初)からやり直してください。
既にダウンロードしているデータのリストアからやり直す(途中からやり直す)はしないで下さい。
MGO2R導入(リストア)時にPS3の本体データがすべて消えますが、データが消えるだけで初期化はされていません。
MGS4のディスクの特性(2層式)、MGO2R導入というメーカー(コナミ、ソニー)が想定していない行為(非公認の行為)であるため、原因の特定や対処方法が非常に困難です。
古いPS3本体の場合更に困難です。
また、メーカーのサポートを受けられないので自力で原因を発見して対処する他ありません。