人気がなくなったから、もうからなくなったからという理由ではありません!
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コラム MGO EYES 第92回:「MGOサービス終了のお知らせ」より
http://www.konami.jp/mgo/jp/hd/special/eyes_092.html(リンク切れ)

「こんにちは! コジプロ精鋭部隊のクニベルトです!」

「…オオタニです」

「オッキーです!」

「今回はユーザーの皆様に大変残念なお知らせがあります」

「既に発表はされていますが,2012年6月12日に"METAL GEAR ONLINE"はサービスを終了することになりました」

「うわーん」

「悲しいよね…」

「最初は3年間のサービス継続という計画だったよね」

「そうです。ただ,ユーザーの皆様からの熱い声援があったので,さらに延長することになりました」

「しかし,4年間もサービスを継続してこられたのは,何よりもユーザーの皆様のおかげです!」

「本当にありがとう!」


~省略~



MGO2公式サイトより
http://www.konami.jp/mgo/jp/hd/event/information.html

『METAL GEAR ONLINE(以下、MGO)』は、2008年6月12日発売の「METAL GEAR SOLID 4 GUNS OF THE PATRIOTS(以下、MGS4)」に同梱し、「MGS4」のシステム、世界観をベースに、「SOPシステムによる連携プレイ」「教官指導モード」「定期開催のトーナメント戦」など、独特なシステムをもったオンラインゲームとして、多くのプレイヤーの皆様からご好評いただいておりました。

弊社といたしましては、当初の3年間のサービス継続という計画のなかでここまで運営を行ってまいりましたが、そのタイミングに至ってもなお、まだ非常に多くのプレイヤーの方々からの熱い応援をいただいておりましたため、ここまで延長してサービスを継続してまいりました。 しかしながら構想しておりましたオンラインサービスの内容を全て実装・提供し、ユーザーの方々へも“メタルギアの世界観の中で遊ぶオンラインゲーム”の魅力を十分に体験していただけたのではないかという考えのもと、この度、本オンラインサービスを終了させていただくことといたしました。 本タイトルのオンラインサービスをお楽しみいただいておりますお客様には大変申し訳ございませんが、何卒ご理解を賜りますようお願い申し上げます。

正式サービス開始以来、多くのプレイヤーに支えられながら、皆様と共にサービスを作り上げ、そしてここまで歩んでこれましたことを関係者一同、心より御礼申し上げます。


~省略~

元々はサービス開始(発売)から3年で終了予定でしたが、プレイヤーに非常に人気だったため、もう1年延長という形になったので、人気がなくて終了というわけではないかなと思います。
あくまでMGS4本編がメインであり、MGOは無料サービスということもあって1年を越える期間の延長は難しかったのではと思います。

メタルギアソリッド レガシーコレクション - PS3
コナミデジタルエンタテインメント
2013-07-11