PS3、PS4、XBOX360、XBOXONEの4機種で「核廃絶」イベントが発生したようです。
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記事作成時は3機種で発生していましたが、記事公開後新たに1機種で核廃絶イベントが発生しました。
そのため記事タイトル、内容を修正しました。

核廃絶イベントの発生条件

第二章以降に以下4つの条件を満たすと、メインミッションクリア時、またはマザーベースへの帰還時に、イベント「核廃絶」が発生します。イベント発生に挑戦して、是非自分の目で確かめてみてください。

・条件1: メインミッション31 をクリアしている。
・条件2: 核兵器を保有していない、かつ開発中でない。
・条件3: 自身がプレーしているプラットフォーム (PlayStation®4, PlayStation®3, Xbox One, Xbox 360®, PC(Steam®)) のサーバー上で特定の条件が満たされる。
・条件4※: 「条件3」を満たしたあと、自身がプレーしているプラットフォーム (PlayStation®4, PlayStation®3, Xbox One, Xbox 360®, PC(Steam®)) のサーバー上で、すべての核兵器が廃棄され、総核兵器数がゼロになった。

※一度「条件4」が達成されたあと、再び同条件が達成されるには、まず「条件3」を満たす必要があります。
https://www.konami.com/mg/mgs5/tpp/jp/news/index.php
メタルギア・ソリッド5公式サイトより(2018/12/27)

4機種で核廃絶イベントが発生

PS3版

XBOXONE版


訳:月末の今日、XBOXONE版でMGSVTPPをプレイしていたら核廃絶イベントのムービーが見れた。

XBOX360版


訳:何らかの理由によりXBOX360版のMGSVの核廃絶イベントが発生した。

PS4版

なぜ発生した


訳:MGSVの核兵器ウォッチャーツールによると、値は突然数百/数千からゼロに落ちました。
おそらく、これはバグまたは悪用によって引き起こされたものです。

2018年2月にSteam版でユーザーの不正により核廃絶イベントが発生しています。

MGSV Nuke Watcher toolにおける現在の核兵器保有数

・Steam版
スクリーンショット (714)

・PS3版
スクリーンショット (715)

・PS4版
スクリーンショット (716)

Nukes on Steam: 137
Nukes on PS3: 16
Nukes on PS4: 6
Last update: 2018-12-27 04:00 (UTC)

精度のほどはわかりませんがXBOX360、XBOXONE版はカウントしていないようです。
なぜかSteam版も急激に保有数が激減しています。
個人的にはサーバーの何らかの不具合で引き起こされたものなのかなと思います。

追記:公式ツイッターアカウントより
やはりユーザーの不正が原因だったようです。